وُلد في الخامس عشر من شعبان سنة 1344هـ في مدينة رشت، ثم هاجر إلى
النجف الأشرف مع والده آية الله السيد فاضل الخلخالي رحمه الله سنة
1348هـ، ودرس المقدمات والسطوح على يد أبرز الأساتذة فأخذ المعالم
والقوانين والفصول واللمعة عند كل من آيات الله: الشيخ شمس القفقازي
والشيخ مرتضى الطالقاني والسيد سجّاد العلوي الجرجاني، ودرس السطوح
العليا على يد كل من آية الله الشيخ مجتبى اللنكراني حيث درس عنده
الرسائل وقسماً من الكفاية، ودرس عند آية الله الميرزا حسن اليزدي
القسم الآخر من الكفاية مع مقدار من كتاب المكاسب، أصيب بمرض في هذه
الفترة فذهب للعلاج في طهران ولأجل سهولة المتابعة في المسشفى استوطن
قم المقدسة مدة سنة تقريباً فدرس عند العلامة الشيخ محمد علي الكرماني
مقداراً من المكاسب وعند العلامة الشيخ عبد الجواد الأصفهاني مقداراً
من الرسائل، وحضر مقداراً من الخارج عند بعض أساتذتها، ثم عاد إلى
النجف الأشرف.
وفي سنة 1370هـ حضر البحث الخارج عند زعيم الحوزة العلمية السيد
الخوئي فحضر بحث خارج المكاسب كاملاً وكذلك بحث الطهارة ومقداراً
قليلاً من الصلاة إلى سنة 1384هـ إلى جانب حضوره دورتين أصوليتين
كاملتين مع بعضٍ من الثالثة، ولم يغفل عن حضوره الدروس التعطيلية
للسيد الخوئي فحضر مباحث الرضاع وقررها وكذلك حضر مباحث التفسير
كاملةً إلى عُطّل الدرس لبعض الظروف، كذلك فقد حضر لدى بعض الأعلام
غير السيد الخوئي حيث حضر بحث الحج عند الفقيه البارع آية الله العظمى
السيد محسن الحكيم وخارج المكاسب عند المحقق الشهير آية الله العظمى
الشيخ حسين الحلي.
ثم سافر إلى إيران أواخر سنة 1384هـ للزيارة فطُلب منه أن يبقى هناك
للإرشاد والتبليغ فبقي في طهران مرشداً ومدرّساً، وقد تأسف السيد
الخوئي على ذلك حيث كان يريد بقاءه في النجف الأشرف، وهكذا بقي في
طهران إلى أوائل سنة 1427هـ حيث توفي سماحة آية الله الميرزا علي
الفلسفي فطلبه علماء مشهد المقدسة بأن يهاجر إليها لتدعيم الحركة
العلمية، فاستجاب لهم وواصل عطاءه من خلال التدريس في مدرسة السيد
الخوئي، الى ان اشتد تعبه وقطع التدريس في حدود سنة 1437 هـ وانصرف
الى تكميل كتاباته.
من مؤلفاته المطبوعة:
-فقه الشيعة: الاجتهاد والتقليد والطهارة (ناقص)، وهو تقرير لبحث
السيد الخوئي في 7 مجلدات طُبع مزيناً بعدة تقريظات من المحقق الخوئي
قدس سره حملت عبارات قوية جميلة تدل على المكانة العلمية العالية التي
حازها المقرر دام فضله.
ومنها قوله في تقريظ الجزء الثاني سنة 1380 هـ: (فمن منن الله تعالى
أن وفّق قرة عيني الأعز العلامة الحجة السيد محمد مهدي الخلخالي إلى
إخراج الجزء الثاني من كتابه...وقد نظرت فيه فوجدته يمتاز كسابقه بقوة
البيان وحسن الأسلوب والإحاطة بدقائق البحث وذلك ما دلّ على كفاءته
وتفوّقه وزاد ثقتي بأن يكون في المستقبل القريب أحد الأعلام والمراجع
في الفتيا).
-أحكام الرضاع في فقه الشيعة: تقرير مشترك مع آية الله الشيخ محمد تقي
الإيرواني رحمه الله لبحث السيد الخوئي في الرضاع.
-أصول فقه الشيعة: تقرير بحث السيد الخوئي للدروة الرابعة. طُبع
المجلد الاول منه سنة 1433هـ، وقد صدر منه 5 اجزاء الى سنة 1440 هـ
اربعة منها في الالفاظ وواحد في القطع والظن والعمل جارٍ على ما تبقى
ويحتمل أن يكون المجموع 9 اجزاء.
والكتاب وإن طُبع مؤخراً الا انه مقرّظ من السيد الخوئي في سنة 1373
هـ وقد جاء فيه: (فقد لاحظت ما كتبه الفاضل الصفي والعلّامة المهذّب
الزكي، قرة عيني المعظّم له جناب السيد محمد مهدي الخلخالي أدام الله
تأييده وزاد في خدَمة العلم والدين من أمثاله فوجدته قوي الحجة، سلس
البيان، وافياً بما نقّحناه وحققناه).
-الحاكمية في الإسلام: بحث حول النظام السياسي وولاية الفقيه في
الإسلام في مجلد كبير وهو مترجم الى العربية.
-فقه الشيعة (بحث الخمس والأنفال) في 3 مجلدات، وقد لاقى هذا الكتاب
استحساناً كبيراً عند جمع من الفضلاء.
-فقه الشيعة (بحث الإجارة) في مجلد ضخم يقارب 1200 صفحة.
