كانت مدرسة الامام الصادق(ع) أكبر جامعة إسلامية خلفت ثروة علمية وخرجت عدداً كبيراً من رجال العلم وانجبت خيرة المفكرين وصفوة الفلاسفة وكبار العلماء وكان طابع هذه المدرسة هوا استقلالها الروحي وعدم خضوعها للسلطة اذ لم تفسح لها المجال بالتدخل في شؤونها لذلك لم يتسن للأمويين والعباسيين استخدامها في مصالحهم الخاصة أو التعاون معها في شؤون الدولة فقد كان من المستحيل ذلك لان هذه المدرسة قد انشئت لمحاربة الظالمين فكراً وعقيدة ومنهجاً فلم تركن لهم ولم يربطها بهم اي رابطة من روابط الالفة والانسجام بل على العكس من ذلك فقد كانت الهوة السحيقة التي تفصل بينهما تتسع يوماً بعد يوم.
وبهذا النهج الذي سارت عليه والطابع الذي اختصت به فإنها قد اصبحت عرضة للخطر فكان النزاع بينهما يشتد والعداء يتضخم وقد صمدت هذه المدرسة امام اشرس الهجمات وابشعها التي كانت تقوم بها السلطة لمحو آثار تلك المدرسة الإلهية، ورغم ذلك فقد انجبت اعلام الامة ومن اشهر من تخرجوا من تلك المدرسة من اصحاب الحديث أبو حنيفة النعمان بن ثابت امام المذهب الحنفي وقد اشتهر قوله لولا السنتان لهلك النعمان وكان قد لازم الامام الصادق(ع) في المدينة لمدة سنتين متواصلتين، ومالك بن انس امام المالكية وسفيان الثوري وفضيل بن عياض وسفيان عينية وعبد ملك بن جريح وغيرهم.
اما من اصحاب الفقه الذين كان لهم اليد الطول في خوض غمار المعارك الكلامية ومحاربة السلطة الفاسدة ومقارعة اهل الالحاد والزندقة ومناظرة اهل العقائد الفاسدة والآراء الشاذة ومقابلة الظلمة في شدة الانكار عليهم وتوجيه الانتقاد لهم فاشهرهم وافضلهم ابان بن تغلب ومحمد بن علي النعمان المعروف بـ(مؤمن الطاق) وهشام بن الحكم.
اما في العلوم الاخرى فقد برز جابر بن حيان بأنه اول من تكلم في الكيمياء ووضع فيها الكتب وترجمت بعض مصنفاته الى جميع اللغات وألف خمسمائة رسالة في الكيمياء في ألف ورقة وقد اعترف في مسائله بانه اخذ هذا العلم عن جعفر الصادق، وهناك الكثير من الاسماء الكبيرة التي برزت على الساحة العلمية والفكرية وتخرجت من هذه المدرسة.
